蛋白质组学分析(蛋白质蛋白质组学研究，这个够经典！)

作者:盛大师

现在的教学大学都是用蛋白质来组织文章，技术上也很容易填到博士毕业的神刊oncotarget(除了自己的水平，还看很多其他方面，都是自己知道的)。

在正文开始之前，我推荐一本书和一篇关于蛋白质组学的综述。该书是《冷泉港蛋白质组学实验手册》，适合完全不了解零基础的初学者。复习的是化学复习中鸟枪/自下而上蛋白质组学的蛋白质分析(影响因素40多个，化学最高)，适合有一定基础的阅读。

好了，现在让我们言归正传，什么是蛋白质组学，蛋白质组学不仅包括蛋白质的鉴定和定量，还包括蛋白质定位的确定，修改，相互作用，活动，以及最终的功能。

我们主要讲的是蛋白质的鉴定和定量，这就引出了两种文章。第一种是尽可能识别细胞或组织中的所有蛋白质，这部分与分析化学无关。第二个是差异蛋白质组学，旨在通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异来解释细胞的生理和病理机制。

从医学的角度来看，蛋白质组学的整个实验过程简单易懂。第一步是从不同的组织或细胞样本中分离蛋白质，第二步是按蛋白质对表达差异显著的蛋白质进行鉴定和定量。第三步，在此基础上，选择蛋白质进行验证，最后，分析信息(如下图)。

有两种不同的分离流程，第一种是自上而下(直接分离蛋白质)，主要技术是双向电泳(不推荐，很麻烦)。第二种是buttom-up(蛋白质酶解得到的多肽)，主要技术是LC。

今天的演讲是自上而下的。文章发布在oncotargeT上，标题如下。

在接受新辅助化放疗的直接癌症患者中识别预测肿瘤反应的蛋白质簇

背景什么的就不说了。快速阅读总结，看看怎么做。

1.通过比较差异蛋白表达找到预测疗效的生物标志物。

2.根据疗效设置三组比较差异表达蛋白，采用二维荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE)进行分离和定量。

3.通过2D胶图像分析软件，发现了30个差异显著的蛋白点，其中TRG1-2与TRG3有16个差异显著，TRG1-2与TRG4有14个差异显著。作者将这里的30个点作为参数进行主成分分析降维，发现TRG3和TRG4都可以很好地与TRG1-2分离。

此外，分析了30个斑点在正常和癌组织中的表达。

发现TRG3和TRG4相对于TRG1-2的四个蛋白点377、471、683和684的表达显著不同。71、683和684在正常组织和癌组织中的表达有显著差异。

4.将蛋白酶切割成多肽，纳米液相色谱分离，生物质谱鉴定蛋白质。

5.鉴定出的候选蛋白质由另一组患者验证，最后用STRING分析蛋白质相互作用。

本文思路简单，分离-鉴定-验证分析，是利用双向电泳进行差异蛋白质组学分析的经典文献，值得参考。