质粒图谱(这就够了)

做分子实验，经常要处理不同的质粒，需要知道各种质粒的图谱信息。今天，我将告诉你如何找到质粒图谱。

方法一:使用Vector NT软件。

Invitrogen的软件对分子生物学的bug来说绝对是一个福音。为了更直观地理解质粒图谱，安装这个软件是非常必要的。

该软件的软件包将包括Invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比更常见、更经典的质粒图谱。

方法:搜索质粒图谱网站。

载体数据库(addgene)

地址:http://www.addgene.org/

这个网站非常方便用户。它曾经被称为生命。现在网站已经整合发送到http://www.91bio.com/carriers-website-to-find/.，比如查pRS质粒图谱，直接在搜索框输入pRS。你可以看到有30多个这样的质粒。

找到需要的质粒名称，点击回车，可以看到质粒图谱。

以第一个质粒pRSII413为例。如上图，质粒图谱难看吗？是的，我也觉得很丑。没关系。你看过取景顺序吗？点击回车，我们会得到质粒图谱的序列。

矢量数据库

网站:http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector.html

这个网站页面比较简单，但是分类比较直观，总结分类也比较完整。包括所有表达系统的质粒信息。

但是唯一困扰我的是这个网站没有搜索栏，太不人道了。如何从这么多质粒信息中找到我们需要的质粒信息？没关系，我们有网页字符搜索功能，看红色标记部分。

方法是:编辑网页的工具栏-在这个页面上查找，然后输入你的质粒名称。例如，如果我们输入pRS，会不会像搜索栏一样有有用的信息？

点击我们需要进入下一页的质粒，以质粒pRS303为例，如下图所示:除了一些关于质粒的描述性语言外，最重要的信息是红色标记部分，Sequence Link输入质粒的序列。点击NCBI链接直接进入NCBI。下面将详细解释如何在NCBI获得质粒图谱。

美国国家生物技术信息中心

网站:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

重点介绍如何利用NCBI查找质粒图谱信息。如下图所示，在搜索下拉框中选择核苷酸，在搜索栏中输入质粒名称，以pRS303为例:

搜索后，得到搜索结果，如下图所示，点击右侧的发送到，选择文件、基因库等选项，点击创建文件选项，得到一个gb格式的文件，导入到矢量软件中，得到我们需要的质粒图谱。

和谷歌学术

谷歌真的是个好东西。学生应该仔细研究它的用法。虽然有时候墙里面的提示打不开，但是搜索效率真的很高。

关键公式:质粒名称+图谱

质粒名称+序列+文件类型:TXT或文件类型:PDF

或者:去谷歌点击“图片搜索”直接搜索地图。

美丽剑阁(热心生物人组织)

http://yoou.bokee.com/5757561.html

其他核酸数据库。

欧洲分子生物学实验EMBL:http://www.ebi.ac.uk/

方法:一些重要的试剂公司网站。

其实也是一些网站，因为这些网站除了质粒图谱之类的，还能获取质粒使用的信息，所以就单独拿出来分类了。目前很多质粒，尤其是应用比较广泛的质粒，都是一些公司的商业化质粒。基本上，你会通过一个质粒想到一个公司的名字。

举个简单的例子，克隆载体pMD18-T，TaKaRa；天根PGM-T；一些最广泛使用的表达载体，pET系列，诺华根公司(默克)；双MCS的Duet系列矢量，Novagen的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k、pPIC9k、pPICZA、pPICZaA等。都是Invitrogen的；此外，一些pYES酿酒酵母表达系统也来自Invitrogen，所以如果我们知道普通质粒属于哪家公司，我们肯定可以在他们的网站上找到质粒的相关信息。

直接在他们公司主页的搜索栏搜索质粒名称，得到质粒序列、图谱等。除此之外，还可以下到表达系统的操作手册，读pET表达系统的操作手册进行原核表达，读毕赤酵母的表达系统进行真核表达。

方法:如何找到修饰质粒的质粒图谱？

部分质粒已被修饰，用上述方法找不到相应的信息。这时可以在google scholar中输入质粒名称，可以直观地看到哪些学者在哪些文章中使用了质粒，这样就可以知道质粒的来源或向作者咨询或索取。

谷歌学者:http://scholar.google.com/

此外，介绍如何通过文献、Kuhlman、T. E .和E. C. Cox (2010)找到修饰质粒的图谱信息。大型合成构建体的位点特异性染色体整合。核酸Res 38(6):e92。

本文介绍了一种在大肠杆菌中整合染色体的方法。介绍了作者自己修饰的三种质粒。如何找到这三个质粒图谱？

首先，在PubMed中搜索这个文档，如下图所示。

很多人找文档，直接下载就可以了。其实有用的信息有很多，比如文章的补充，上图右侧的标注部分，细胞核和蛋白质都是很重要的信息。点击右侧的核苷酸进入下一页。本文中涉及的六个质粒序列都是可用的。单击输入。根据方法2，NCBI可以通过下载质粒图谱获得这些质粒的图谱。当然，前提是这篇文章的作者已经把矢量信息上传到了NCBI。

方法五:论坛求助

这也应该算是新手童鞋获取质粒图谱的好方法。去一些知名论坛，比如丁香园，寻求帮助，这是个坏主意，不鼓励。此外，丁香园论坛编制了丁香园质粒图谱库。