沙棘主要病害是干缩病，常见的害虫有春尺蠖、苹小卷叶蛾、沙棘蚜虫和蛀干害虫柳蝙蛾等。沙棘干缩病是沙棘的一种严重的毁火病害。种植时应选择抗病品种，加强田间管理，定期疏松土壤，增强土壤通透性，提高植株抗病能力，防止沙棘根系和地上部分受到严重的机械损伤，消除病原菌的入侵。4月下旬开始化学防治，开穴，用40%多菌灵悬浮剂500倍液或甲基托布津800倍液浇灌，每月1次，连续3~5次。
春尺蠖和苹果卷叶螟发生期喷施25%灭杀2500倍液或20%甲氧氯普胺3000倍液；10%吡虫啉可喷施2500~3000次防治沙棘蚜虫。
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