唐菖蒲常见的病害有球茎腐烂病、叶枯病等；常见的虫害有蓟马、蛞蝓等。

鳞茎腐烂病是贮藏过程中常见的病害。感染这种疾病后，鳞茎表面会出现褐色、略凹陷的斑点，周围会出现黑色溃疡。当空气湿度较高时，斑点会迅速扩大，表面会出现绿色霉变，导致灯泡收缩干燥。预防措施是挖灯泡时要小心，以免灯泡受伤。收获球茎后，最好将其浸泡在冷水中，用酒精消毒，并储存在阴凉处。储藏室应通风干燥，低温保持在4-5度。

叶枯病通常始于唐菖蒲下部叶梢，开始时变为绿斑，后期出现深褐色霉变。7月到9月比较严重。预防措施是在种植前剥去球茎的干鳞片。将灯泡浸泡在0.5%高锰酸钾中15分钟并消毒。或在植物发病初期，每8-10天喷施1%等量波尔多液或50%代森锌1000倍液一次。

蓟马是这种害虫的成虫和若虫，通常白天躲在叶腋里，阴天或晚上爬到叶子上。主要吃植物的叶、茎、花，使叶子变色，在花冠上留下白灰色的点状食物痕迹和产卵痕迹，导致花瓣卷曲。可用2.5%溴氰菊酯400倍液喷洒。

蛞蝓，俗称蛰虫，是一种分布广泛的杂食性害虫，其成虫和若虫经常啃食植物的嫩芽和叶片，并经常在它们爬经的地方留下银色的痕迹。可用3%石灰水或100倍氨水喷洒。